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种子处理是实现花卉的工厂化育苗的关键性技术之一，清选是为清除种子中的夹杂物，如鳞片、果皮、果柄、枝叶、碎片、瘪粒、病粒、土粒、其它种类的种子等，以便于播种的顺利进行。一般少量种子可用手选。种子量比较多时可用风选、筛选和水选。 风选：适用于中小粒种子，利用风、簸箕或簸扬机净种。少量种子可用簸箕扬去杂物。

种子发芽所需要的温度一般在21℃～28℃之间，大部分在24℃～25℃为适温度，持续恒定的温度对种子来说可以促进种子对水分的吸收，解除休眠，活生命活力。较高的湿度可以满足种子对水分的需要，首先，软化种皮，增加透性，为种胚的发育提供必需的氧气；其次作为种子生化反应的溶剂，促进其生物化学反应的完成，由一种新的生命形式替代潜在的生命状态。

穴盘和基质是穴盘育苗必备的物质条件。基质的种类很多，为适应不同的卉育苗的需要，基质的配比也有所区别。一般原则是种子越小，需要的基质越细。基质的主要组成有草炭土（CSP）、椰糠、珍珠岩、蛭石等。基质的基本要求是无菌、无虫卵、无杂物及杂草种子，有良好的保水性和透气性，pH值5.5～6.5，EC值低于0.75mmhos/cm3。生产中常将草炭和珍珠岩（或蛭石）以(3～3.5)∶1的比例混合。育苗基质原则上是新基质，不使用旧的材料，即使如此，在播种前也用600～1000倍液的多菌灵或百菌清消一次毒。

一般数量较少，寿命短且价格昂贵，大多数情况下采用聚乙烯铝箔复合薄膜袋，外套一般为纸质种子袋。含芳香油的花卉种子宜装在金属罐、木盒或有色玻璃瓶中贮藏。经过清洗干燥至安全含水量并包装在铝箔袋或金属罐的种子要在干燥、密封、低温的条件下保存。少量的种子可贮于干燥器内。罐装、铝箔袋在封口时还可抽成真空或半真空状态，以减少容器中的氧气量。种子袋外应正确标明种子名称以及采收的年、月、日及使用年限。种子呼吸产生很大热量，适时通风可降温散湿，自然通风为主，机械通风为辅。